주사업장 총괄납부사업자의 재활용폐자원 매입세액 공제 한도액의 계산은 재활용폐자원을 매입하는 사업장과 판매하는 사업장의 과세표준의 합계액이라는 판단이 나왔다.

주사업장 총괄납부사업자가 자기의 다른 사업장에 원재료 등으로 사용·소비하기 위해 거래명세표를 발행하고 반출하는 경우 반출 금액이 재활용폐자원 매입세액 공제 한도액 계산 시 공급한 과세표준에 해당하는지 여부에 대해 국세청은 이같이 답변했다.[서면법규 –452, 2014.04.30.]
 

A법인은 주사업장 총괄납부 사업자로서 폐차사업을 하는 지점이 있으며, 폐차사업장은 폐차를 매입해 자기의 다른 사업장 A에 원재료 등으로 사용 소비하게 하기 위해 세금계산서를 발행하지 않고 반출했다. 또한 A사업장은 반입한 원재료 등을 그대로 판매하거나 제조 가공해 판매했다.

이처럼 A법인이 사업장에 거래명세표만 발행하고 반출하는 경우 재활용폐자원 매입세액 공제 한도액 계산시 과세표준이 문제가 됐다.

이에 대해 국세청은 ‘부가가치세법’ 제51조 제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 재활용폐자원을 매입하여 자기의 다른 사업장으로 반출해 가공 등을 거쳐 판매하는 경우 재활용폐자원 매입세액 공제는 해당 재화를 매입한 사업장에서 공제받을 수 있는 것이라고 답변했다.

국세청은 또 ‘조세특례제한법’ 제108조 제2항에 따른 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준의 계산은 해당 재화를 구입한 사업장과 A사업장의 해당 과세기간의 과세표준 합계액 중 재활용폐자원과 관련해 발생한 과세표준을 말하는 것이라고 설명했다.

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