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[예규·판례]기업부설연구소로 인정받은 면적 취득세 감면 타당

심판원, 처분청의 2018.1.23.자 경정청구 거부처분은 잘못이 있어

(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 청구법인이 취득 직후부터 이 사건 부동산 중 일부에 대해서 기업부설연구소로 사용할 것을 전제로 리모델링 공사를 시작했고, 취득일로부터 7개월 후에 기업부설연구소로 인정받은 사실이 확인되었다고 판단했다.

이에 따라 심판원은 청구법인이 이 사건 부동산을 기업부설연구소에 직접사용하기 위해서 취득했다고 보는 것이 타당하다는 심판결정례를 내놓았다.

 

청구법인은 2009.2.18. 000를 본점 소재지로 하고, 모바일기기 및 전자기기의 악세사리 제조 및 도소매업 등으로 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2017.9.11. 000토지 및 건물(A동 연면적 6,979.07㎡) 과 000토지 및 건물(B동 연면적 2,523.97㎡, A동을 포함하여 이하“이 사건 부동산”이라 한다.)을 취득하고 대도시 전입에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 000을 신고·납부하였다.

 

청구법인은 2017.12.28. 처분청에 경정청구를 하면서 청구법인이 이 사건 부동산에 본점 전입을 하지 않았으므로 대도시내 전입에 해당하지 않는다는 이유로 일반세율을 적용할 것과 이 사건 부동산의 A동8층 및 B동 지하 1층 부분을 기업부설연구소로 사용할 계획임을 이유로 지방세특례제한법 제46조에 따른 취득세 감면을 주장했다.

 

처분청은 2018.1.23. 대도시내 전입이 아닌 것으로 보아 일반세율을 적용하여 취득세를 경정하였으나, 기업부설연구소 감면은 그 요건을 충족하지 않는다고 보아 이를 거부(이 사건처분)하였다. 청구법인은 이에 불복, 2018.4.19. 심판청구를 제기하였다.

 

청구법인 주장에 따르면 처분청에 사업계획서를 제출하는 2017년 9월 시점에는 이 사건 부동산의 층별 전입부서 배치를 구체적으로 예정하지 않았고, 2018.1.19.에야 최종 레이아웃 및 층별 부서배치를 확정하였으므로 경정청구서 접수시점인 2017.12.28.에는 구체적인 자료를 제출하기 어려웠었으며, 기업부설연구소 변경신청은 연구소에 대한 전입을 완료하여야 신고 및 인증이 가능한 점 그리고 처분청에서도 연구소 감면의 경우 최초에는 예정면적으로 신고하였다가 추후 확정면적이 변경되어 정산하는 사례가 빈번하다고 안내해준 점 등을 종합해 보면 청구법인이 이 사건 부동산을 취득할 당시와 경정청구 신청 시점, 그리고 심판청구시점까지의 연구소 면적이 변경될 수밖에 없었던 합리적인 사유가 충분히 입증된다고 하겠다.

 

따라서 처분청 이 사건 부동산의 취득 당시 제출한 사용계획서에 기업부설연구소 사용 용도가 기재되지 않았다는 이유 등으로 감면대상에서 배제하는 것은 부당하다고 청구법인은 주장했다.

처분청에 따르면 청구법인이 취득 당시 제출한 사용계획서와 같이 이 사건 부동산을 임대 및 업무용으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 판단되고, 이에 부합하게 취득세 등을 신고·납부함으로써 취득세 납세의무가 적법하게 확정되었다할 것이고, 이미 조세채권이 적법하게 확정된 이상, 이후 법인의 사정 변경으로 인하여 해당 부동산을 감면 목적에 맞게 사용한다 하더라도 이미 확정된 납세의무는 영향을 미칠 수 없다할 것이므로 이 사건 처분은 정당하다는 의견을 냈다.

 

조세심판원에 따르면 청구법인은 이 사건 부동산의 취득일부터 1년 이내인 2018.4.16. 기업부설연구소(소재지 변경)로 인정을 받은 후 2018.5.24. 그 연구공간 면적을 720.31㎡(A동 지하 1층 146.52㎡, 8층 395.10㎡, 11층 178.69㎡)로 변경신고를 하여 2018.5.25. 연구소 인정을 받은 점 등에 비추어 청구법인이 이 사건 부동산의 취득 당시 일부를 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득하였다고 보기 어려워 감면대상으로 볼 수 없다는 처분청의 의견은 받아들이기 어렵다고 하겠다.

 

따라서 처분청의 2018.1.23.자 경정청구 거부처분은 잘못이 있다할 것이고 청구법인이 이사건 부동산 중 기업부설연구소로 최종 인정을 받은 면적(720.31㎡)에 대하여는 취득세 등을 감면하는 것이 타당하다고 심리판단, 경정결정(조심2018지0855, 2018.12.14.)을 내렸다.

 

 

[심판결정례 및 행자부 예규 보기]

▲조심 2016지 72, 2016.11.11., 2009지741, 2009.11.5., 행정자치부 세정운영과-2335, 2010.6.3.= 조세심판원 등에서도 감면신청은 협력의무에 불과하고, 다른 용도로 부동산을 취득한 이후 사정변경 등으로 인하여 기업부설연구소 용도로 사용하였다 하여도 취득한 후 타 용도로 사용하지 않고 기업부설연구소를 설치하여 사용한 경우 해당 부동산은 취득세 면제대상이다.

 

▲조심 2009지741, 2009.11.5.= 지방세특례제한법 제46조 재1항의 기업부설연구소용 부동산에 대한 감면은 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 부동산 취득 당시 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니고, 비록 그 감면신청에 관한 규정인 같은 법 제183조 제1항이 납세의무자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 규정하고 있기는 하나, 이는 협력의무를 부가한 것에 불과하여 설령 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 감면요건에 해당되는 경우에는 취득세를 감면하는 것이 타당하다 할 것이다.

 

[대법원판례 보기]

▲대법원 2015.6.23. 선고 2015두 39477 판결= 기업부설연구소용에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득 당시 일단 취득세를 면제받고, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 기업부설연구소 인정을 받는 경우 비로소 기업부설연구소의 면적이특정되어 구체적인 취득세의 면제범위가 확정되는 것이므로, 이에 따라 과세관청은 취득세를 추가로 부과하거나 환급하면 충분하다.

 

[관련법령]

▲지방세특례제한법 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이조에서 같다.)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.        

 

 

 

 

 

 

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