(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 국세청과 기획재정부에서도 종전규정에 따라 소기업에 해당하는 경우 개정부칙에 따른 소기업에 해당하는 것이라고 쟁점부칙을 해석하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 신고한 2017~2018사업연도 ‘중소기업에 대한 특별세액감면’신청에 대하여 소기업에 해당하지 않는다고 보아 과세한 당초 처분청의 처분은 잘못이라는 심판결정례를 내놓았다.

심판결정 처분개요에 의하면 2013년 개업, 화장품 제조 및 도소매업을 영위하는 법인사업자인 청구법인은 2019.4.1., 2017사업연도 법인세 신고분에 대하여 조세특례제한법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용하여 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하여 법인세 000환급받았고, 2019.4.1. 2018사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 위 감면규정에 따라 감면신청(세액감면 000)을 하였다.

처분청은 청구법인에 대한 2017~2018사업연도 법인세 신고 사후검증을 실시한 결과, 청구법인이 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 조세특례제한법 시행령 부칙 제22조에 따른 소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면을 부인하여 2020.1.9. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 000 및 2018사업연도 법인세 000 각각 결정· 고지하였다.

청구법인은 ‘반드시 2016사업연도에 개정규정에 의하여 소기업 기준을 벗어나는 경우에만 쟁점부칙규정을 적용하고, 2017사업연도 이후에 개정규정에 의하여 소기업 기준을 벗어나는 경우에는 유예규정을 적용하지 아니한다.’거나 ‘2016사업연도에 종전 기준에 의하여 소기업에 해당할 뿐만 아니라 개정규정에 의하여도 소기업에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용할 수 없다.’고 주장했다.

또 처분청의 논리대로라면 2016년도가 종전규정에 의하여 소기업에 해당하고 개정규정에 따르면 소기업 기준에 해당하지 않는 경우 2016사업연도에 대해서만 유예규정을 적용하고 이후 2019사업연도까지는 유예규정을 적용할 수 없게 되는 등 쟁점부칙 규정의 적용을 논리적으로 설명할 수 없는 결과가 발생하므로 처분청의 이 건 과세처분은 취소되어야 한다고 주장했다.

처분청은 쟁점부칙의 경과규정은 개중 규정 시행 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 개정규정 시행 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 규정하고 있다고 전제하고, 쟁점부칙 규정을 적용함에 있어 ‘개정 법률 시행 당시’의 의미를 2016사업연도만을 지칭하는 것으로 보아야지(조심 2018광3900, 2019.6.5. 및 국세청법령해석과-1692, 2018.4.10.), 2016사업연도 이후 모든 사업연도로 해석할 것은 아니라고 판단했다.

따라서 처분청은 청구법인의 소기업 해당여부는 각 사업연도를 판단하여야 하므로 2017사업연도의 경우 매출액이 000상시근로자수가 6.75명이고, 2018사업연도의 경우 매출액이 000상시근로자수가 8.08명으로 각 사업연도별로 소기업 요건(도소매업 000이하)을 충족하지 못하고 있다는 것이다.

이에 따라 청구법인은 수도권 내 소재하는 중소기업에 해당하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없으므로 처분청의 당초 과세처분은 정당하다는 의견을 냈다.

한편 조세심판원은 국세청과 기획재정부에서도 ‘2015과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 기업이 개정규정 시행 이후 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 각 과세연도별로 개정규정에 따라 소기업에 해당하지 않으나, 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 경우 개정부칙에 따른 소기업에 해당하는 것(국세청 법령해석과-3438, 2019.12.30., 기획재정부 조세특례제도과-751, 2019.12.24.)’이라고 쟁점부칙을 해석하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 신고한 2017~2018사업연도 조세특례제한법 제7조의 ‘중소기업에 대한 특별세액감면’신청에 대하여 소기업에 해당하지 않는다고 보아 과세한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 심리판단, 취소결정(조심 2020서0790, 2020.08.04.)을 내렸다.

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